Založil ho budoucí císař Karel IV., a poté, co byl v neděli 2. září roku 1347 korunován na Pražském hradě českým králem, byl položen základní kámen tohoto kostela. Vyrůstal na prázdném pozemku ještě před založením Nového Města (tedy před 8. březnem 1348) a měl sloužit jako korunovační kostel českých králů. Tento záměr se sice nepodařilo splnit, ovšem i tak vznikl svatostánek s pozoruhodnou historií.

Vzdělaný Jan Hus chyboval

Jan Hus měl pravdu, když hlásal, že římskokatolická církev je provázena mnoha nepravostmi, které se snažil napravit již císař Karel IV. i jeho přítel a první český arcibiskup Arnošt z Pardubic. Šli na to samozřejmě diplomaticky, ale jak známo ani oni neuspěli.

Hus udělal podle historiků jednu zásadní chybu, jíž byl odchod na koncil do Kostnice, kde chtěl obhájit své učení. Jako vzdělaný muž musel vědět, že hlavním úkolem tamního koncilu je vyřešit rozkol v římskokatolické církvi, jenž se projevil vícepapežstvím, a navíc mu muselo být jasné, že jeho kauza bude pro přítomné církevní činitele na okraji jejich zájmu a budou ochotni jí věnovat pouze co nejméně času. O Husově osudu bylo totiž rozhodnuto předem. Zároveň jako muž církve musel vědět, že Kostnice se po dobu konání koncilu stala církevním územím, na němž byl v moci církve a žádný sebemocnější světský panovník pro něj nemohl hnout prstem – což platilo i pro Zikmunda Lucemburského. (Jeho glejt platil výhradně pro cestu k branám Kostnice, během níž ho však nikdo neohrožoval – naopak byl všude vítán.)

Tři důležitá data

První bouře se odehrály v Praze již v květnu 1412, kdy sem dorazili prodavači papežských odpustků, které Hus kritizoval a z jejichž výtěžku měl papež financovat svoji válku s neapolským králem. 

Zřejmě roku 1416 přišel do Prahy radikál Jan Želivský, a protože Zikmund hodlal v Praze vojensky zasáhnout, Václav IV. odvolal ústupky kališníkům dojednané v témže roce. Fary vrátil katolíkům a husitům povolil pouze tři kostely, kde bylo povoleno přijímání pod obojí. 

Dotřetice všeho zlého dosadil 6. července 1419 na Novoměstskou radnici katolické konšele, kteří měli město zbavit husitů. 

Husitské hnutí nebylo jednotné

Za to mohly zejména majetkové poměry stoupenců Husa. Vzniklo několik frakcí, a kazatelé, kteří se v Praze vyrojili, ovlivňovali bez problémů nejradikálnější a nejchudší stoupence, kteří si bohužel své činy nerozvažovali. Následkem toho docházelo k vypalování far, rabování obchodů i domů a bohužel dokonce i k pobíjení civilních obyvatel, kteří se snažili své majetky chránit. Ke všemu tito „strážci pořádku“ drancovali městské zbrojnice, aby se vyzbrojili. 

Z kázání na první defenestraci

V neděli 30. července 1419 kázal krajní radikál Jan Želivský od devíti hodin ráno v dosud rozestavěném kostele Panny Marie Sněžné. Jeho slova i zbraně v rukou posluchačů iniciovaly kolem 10. hodiny dopolední k tažení na Dobytčí trh (dn. Karlovo náměstí), v jehož čele šel Želivský s dlouhou tyčí v rukou, na jejímž konci byla schránka s monstrancí. 

Dav se zastavil u kostela sv. Štěpána v dn. Štěpánské ulici.

Během mše vylomili dveře, vyhnali katolické věřící i jejich kněze a přijali z kalicha. Ani tento církevní obřad je však nezklidnil, a po jeho skončení pokračovali dál ve svém halasném tažení k Novoměstské radnici. Tvrdili, že chtějí osvobodit kališníky uvězněné ve sklepě, a radničnímu mluvčímu odmítali uvěřit, že v radnici žádní vězni nejsou. Znovu je nažhavil možná údajně z radnice hozený kámen na monstranci, možná svými slovy sám Želivský; každopádně veškeré diskuse skončily. 

I tomu se říkalo spravedlnost

Dav, k němuž se přidala místní chudina, vyrazil radniční dveře, pronikl po schodišti do prvního patra, kde se nacházela jednací síň, a vyházeli z oken možná deset, možná více konšelů. 

Ti dopadali „na voštěpy a na sudlice, na meče a kordy (…) a kterýž se tak neproklál, toho hned dobili“. Na závěr snědli i vypili vše, na co v radniční budově přišli.

Podle historiků zpráva o této první pražské defenestraci, kterou obdržel Václav IV. na svém Novém hradě u Kunratic, zhoršila jeho zdravotní stav natolik, že 16. srpna 1419 zemřel. 

Jan Želivský byl vlákán na radnici, na jejímž dvoře byl s několika dalšími přívrženci 9. března 1422 tajně popraven a jeho stoupenci přenesli tělo do kostela Panny Marie Sněžné.