Jejím předchůdcem byla novoměstská Svatováclavská trestnice, největší věznice v Praze a podle některých pramenů i v habsburské říši. (Výhled na ni měl z oken bytu J. Vrchlický v době, kdy se nastěhoval s rodinou a tchyní Žofií Podlipskou na dn. Masarykovo nábřeží čp. 1672/76.) Stála v letech 1809—1889 zhruba mezi Náplavní a Na Zderaze, určena byla pro muže, postupně se rozšiřovala, ale po hygienické stránce přestávala vyhovovat.

Z centra Prahy do přírody

To bylo důvodem rozhodnutí, že je nutno vybudovat věznici novou. Vyrůstala v letech 1885—1889 na místě bývalé obce, nazvané podle kostela sv. Pankráce, v oblasti, kde začaly první chalupy nesměle vyrůstat teprve v prvním desetiletí 19. století, takže v době výstavy Pankrácké věznice tvořila okolí dlouho hlavně pole a louky. (Pankrác byla roku 1898 spojena s Nuslemi, a ty se staly součástí dn. Prahy roku 1922.) K nové věznici přibyla ve 30. letech 20. století budova krajského (dnes vrchního) soudu.

Zpočátku byla určena pro padělatele, zrádce, sňatkové podvodníky, vrahy i zlodějíčky a šizuňky různého kalibru. Původně zde bylo internováno osm set vězňů – mužů, žen i mladistvých, z nichž ti posledně jmenovaní delikventi byli ubytováni za branou na prvním dvoře, v oddělení tvořeném velkými sály se železnými klecemi pro jednoho člověka. Mladiství vězni měli nárok na delší vycházky než dospělí, kteří mohli pobývat mimo celu pouze hodinu denně. Do vzniku Protektorátu Čechy a Morava tu bylo popraveno pouze šest osob.

Za okupace se v Pankrácké věznici čekalo především na smrt

V letech 1939—1945 se stala vazební věznicí jak pro odbojáře, tak pro ty, kteří participovali na černém trhu, a všichni čekali buď na převoz do německé věznice či koncentračního tábora, nebo na popravu. Popravy v této věznici se začaly vykonávat teprve od jara 1943, kdy byly v přízemí levého podélného traktu k dispozici tři nové prostory zvané pankrácká sekyrárna, v níž se popravovalo gilotinou či oběšením. Sekyrárna zahrnovala zasedací místnost, popravčí místnost a rakvárnu.

Popravy zde vykonával kat Alois Weiss (*1906—†1969) se čtyřmi pomocníky a od 6. dubna 1943 do 26. dubna 1945 sprovodil ze světa 1 075 lidí, z toho 155 žen. Pracoval obvykle v úterý a ve čtvrtek po 16. hodině. Vězni byli předvedeni ve spodním prádle, ženy s vlasy vyčesanými či ustřiženými, všichni s rukama spoutanýma vzadu. Vlastní poprava trvala patnáct vteřin, poté pomocníci položili tělo na nosítka, přidali k němu hlavu, odnesli je a pomocí hadic smyli krev z podlahy. Tento celý akt trval dvě až tři minuty, po nichž přišel na řadu další odsouzenec. Na konci války po poslední zdejší exekuci Němci gilotinu demontovali a kovovou část hodili do Vltavy.

Odsouzenci židovského původu si podle nacistů gilotinu nezasloužili, a proto byli oběšeni na oprátce zavěšené na háku posunujícím se na ocelové traverze instalované na stropu v blízkosti gilotiny. Když byl odsouzenec označen za mrtvého, posunul se hák s jeho tělem nad propadliště. Koncem války byli takto popravováni i němečtí zběhové. Těla popravených byla pálena v strašnickém krematoriu.

Jak známo, za 2. světové války tu čekal na smrt mj. spisovatel Vladislav Vančura a Julius Fučík.

Říšskému katovi se vedlo v Praze skvěle

Tento mnichovský rodák si své povolání zvolil sám. Zpočátku sice býval pouze katovským pomocníkem, ale když okupanti zřídili ve zmíněném roce 1943 popraviště v Praze, stal se podle Stanislava Motla jedním z jedenácti oficiálních říšských popravčích. Do české metropole přijel v březnu téhož roku a požádal nadřízené o jednu výjimku: bude v sekyrárně pracovat inkognito, takže ani obyvatelé domu v Dlouhé č. 14, kde se usadil, o jeho povolání neměli tušení. Podílel se na stavbě pražské gilotiny, do své práce se rychle zaběhl a jeho popravy byly rychlé a efektivní. Spokojen byl i se svým platem. Kromě základní částky ve výši 3 000 říšských marek dostával za každou popravu zvláštní odměnu a navíc mu byly hrazeny všechny výdaje na dopravu do a ze zaměstnání.

Mrtví přibývali i v době míru

Česká správa převzala místnosti sekerárny 5. května roku 1945; teprve pak se zjistilo, že zde byly uloženy nálože, díky nimž měly být zahlazeny všechny stopy po popravách.

Dne 27. června roku 1945 zemřel ve zdejší vězeňské nemocnici třiasedmdesátiletý státní prezident JUDr. Emil Hácha, 22. května 1946 tu byl veřejně popraven na vězeňském dvorku strůjce vypálení Lidic a Ležáků Obergruppenführer Karl Hermann Frank, 24. října téhož roku zemřel zastupující říšský protektor Kurt Daluege a 29. dubna roku 1947 Karel Čurda, jenž udal místo úkrytu těch, kteří se podíleli na atentátu na Heydricha. Dva roky tu byla vězněna herečka Adina Mandlová. Po nástupu komunistů byla oběšena při neveřejné popravě 27. června 1950 v 5.35 hod. také svobodomyslná a tudíž nepohodlná JUDr. Milada Horáková (*1901—†1950). Byla navíc poslední ze čtyř odsouzených, kteří měli toho dne zemřít na základě vykonstruovaného procesu, zahájeného 31. května 1950. Nic na tom nezměnil fakt, že o její omilostnění žádal mj. i Albert Einstein. Podle nejnovějších výzkumů umírala asi 15 minut. Oprátka, na níž zemřela, byla po její smrti vhozena k jejímu tělu do rakve a spolu s ním spálena v krematoriu. Další popravy většinou oběšením se tu konaly do roku 1990, kdy byl u nás zrušen trest smrti.