Po porážce prvního stavovského povstání v roce 1547 bylo zřejmé, katolicismus zvítězí v Čechách jedině s pomocí jezuitů. Proto díky pražskému arcibiskupství podporovanému císařem Ferdinandem I. Habsburským vstoupilo do Prahy 18. dubna 1556 prvních dvanáct členů Tovaryšstva Ježíšova. Dne 1. června 1618 byli sice v souvislosti s druhým stavovským odbojem a vládou Friedricha Falckého vypovězeni z Prahy i z Čech, ale 22. listopadu 1620 se vrátili zpět, a zahájili strmý nárůst svého mocenského postavení i bohatství. Jelikož si byli jisti, že v srdci Evropy zůstanou natrvalo, budovali si zde na strategických místech svá většinou nepřehlédnutelná sídla.

První přišlo na řadu Staré Město pražské 

Zde si mohli vybrat ze dvou nabídek ubytování, které jim učinil Ferdinand I.: buď se mohli usadit v malostranském klášteře sv. Tomáše v Letenské ulici, nebo ve zdevastovaném klášteře dominikánů. Bez mrknutí oka preferovali druhou nabídku. Toto neobývané bývalé dominikánské sídlo se totiž nacházelo u jediného pražského kamenného a pochopitelně frekventovaného dn. Karlova mostu, a protože jim císař daroval ještě téměř čtyřicet okolních domů a mnoho zahrad, založili zde 20. června 1556 svoji kolej. Vyučování v provizorních prostorách začalo 7. července téhož roku. 

Pro bydlení zpočátku využívali Starou kolej dominikánů orientovanou do Karlovy a Seminářské ulice, údajně „neměli zprvu ani postelí“, ale brzy se jaksepatří vzmohli.

Klementinum se stalo pevností 

Do výstavby se jezuité pustili v roce 1653, ukončili ji v polovině 18. století, a jelikož výsledný areál dosáhl rozlohy téměř dvou hektarů (Pražský hrad má rozlohu 4 ha), říkali mu Pražané „jezovitské město“. Mělo tři brány, které když se uzavřely (jako například roku 1848), vznikla z něj pevnost. Za hlavní vstup byl zvolen ten, který vede z Křižovnické ulice, a postranní vedou z Mariánského náměstí a z Karlovy ulice.

Klementinum zahrnovalo pět nádvoří a dva kostely a pyšnilo se dokonce první pražskou stokou proplachovanou vodou a odvádějící svůj obsah do Vltavy. 

Výuka, bruslení, divadlo a dekurioni 

Své postavení si jezuité upevňovali promyšleně progresivním stylem výuky, který si vypracovali. Pro názornost používali přírodovědné exponáty a technické pomůcky, a mezi učebními předměty nechyběly – jak uvádějí Josef a Lýdia Petráňovi ve své knize „Praha univerzitní“ – takové předměty jako matematika, fyzika, mechanika, optika, astronomie či mineralogie. Jezuité měli pro studenty skutečné učebnice a dbali například i na to, aby třídy byly vytápěné a orientované do klidových prostor nádvoří, a aby na lavice studentů dopadalo světlo z levé strany(!). Mohli si to dovolit, neboť měli – na rozdíl od Univerzity Karlovy – mnoho zámožných donátorů, kteří jim dávali či odkazovali velké částky. 

U jezuitů studovali z prestižních důvodů synové ze zámožných rodin (čímž si jezuité vychovávali další generaci oddaných donátorů), a z finančních důvodů i synci z rodin chudých. Řád správně předpokládal, že i když rodiče chudých studentů byli vlažní v katolické víře či zapřisáhlí protestanti, představa, že studium umožní jejich potomkovi vést snazší život, než jaký měli oni, byla lákavá. Navíc se mnozí z nich stávali katolíci.

Kromě toho jezuité podporovali zábavu – například umožňovali bruslení či společenské hry, organizovali lákavé velkolepé náboženské slavnosti a využívali pojízdná jeviště. Na nich již od počátku svého pražského pobytu pořádali divadelní představení, jež musela být samozřejmě na náboženská a mravoučná témata. (Komenský jejich žákovská představení chválil a podle jejich vzoru, i podle vzoru jednoty bratrské pořádal také divadelní představení, a to kvůli snazší výuce latiny.) 

Jezuitské osnovy kladly hlavní důraz na latinu, rétoriku a katechismus, učilo se i o sobotách, známkovalo se od jedničky do šestky, a samozřejmostí byly fyzické tresty. Navíc z řad žáků byl volen každý měsíc nový tzv. dekurion, jehož povinností bylo nejen například sbírat vypracované úlohy, ale i donášet na spolužáky učiteli, a někdy na učitele řediteli. 

Nová vysoká škola, Letní dům a privátní přívoz

Původní jezuitské gymnázium neboli jezuitská akademie byla roku 1616 povýšena císařem na univerzitu (studium generale), jež se spojila v jeden celek s chudou Univerzitou Karlovou, čímž vznikla Karlo-Ferdinandova univerzita. 

V tomto názvu bylo uvedeno na prvním místě jméno Otce vlasti, neboť tento český panovník měl nezpochybnitelné renomé. Název se používal až do roku 1882, kdy byla tato vysoká škola rozdělena na českou a německou. (Dnešní název nese Univerzita Karlova teprve od roku 1920.)

Spojení obou vysokých škol, o němž rozhodla listina Ferdinanda III. ze 17. listopadu 1653, bylo oficiálně vyhlášeno v Týnském chrámu 4. března 1654. Spojená univerzita zaměstnávala i učitele šermu, taneční mistry, jezdecké závody, míčové hry apod. 

Pro svůj oddychový pobyt si nechali staroměstští jezuité postavit Letní dům, barokní letohrádek obdélníkového půdorysu, kde mohli přebývat i přestárlí členové řádu. V letohrádku býval i dispenzář (bezplatná léčebna) s kaplí sv. Ignáce postavenou kolem roku 1647, v níž se konaly bohoslužby. Aby se jich mohli zúčastnit i Pražané, zavedli jezuité ze Starého Města pražského privátní přívoz. 

Letní dům stával v místě bývalé malostranské Strakovy akademie neboli studentské koleje pro nemajetné syny českých šlechtických rodin. (Po druhé světové válce byla stavba určena pro novou československou vládu a od roku 1993 je sídlem vlády České republiky.) Budova byla obklopena rozlehlou Jezuitskou zahradou, kterou jezuité dostali darem od Marie Manriquezové de Lara, provdané Pernštejnové a proměnili ji na botanickou zahradu, kde se pěstovalo ovoce a zelenina.

Následovalo „dobytí“ Nového Města 

Jezuity lákal hlavní rynek této části Prahy – trh zvaný od 15. století Dobytčí (dn. Karlovo náměstí). Ten byl totiž díky své poloze z jejich pohledu významnější než Koňský trh (dn. Václavské náměstí): nacházel se totiž na důležité trase mířící na Vyšehrad, a stálo tu mnoho důležitých budov světského i církevního charakteru. Šlo například o Novoměstskou radnici, klášter na Slovanech či Kapli Božího těla, která sice od roku 1403 patřila Univerzitě Karlově, ale Ferdinand II. ji roku 1623 daroval jezuitům. 

K tomuto výčtu přidali černokabátníci svůj nový kostel zasvěcený sv. Ignáci (zakladateli jezuitského řádu) a při něm začali počátkem druhé poloviny 17. století budovat svoji Novoměstskou kolej. 

Hradčany zabrali konkurenti 

Na Hradčany nemohli jezuité „zapustit kořeny“, což je jistě velmi mrzelo – vždyť tamní největší náměstí (dnešní Hradčanské) – se nacházelo u vchodu do panovnického sídla. Zabránil jim v tom fakt, že tuto část Prahy si přisvojili strahovští premonstráti a kapucíni, s jejichž Loretou je spojen krytou chodbou kapucínský hradčanský klášter při kostele Panny Marie Andělské. Loretu vysvětil s velkou chutí roku 1631 arcibiskup Harrach, který fandil kapucínům, zatímco jezuity neměl rád.