Dnes se při naší návštěvě Pražského hradu podíváme do zeleně, neboť Ferdinand I. Habsburský (1526—1564) pravil:
„Pražský hrad se neobejde bez zahrady“
K tomuto závěru došel díky tomu, že v mládí procestoval půlku Evropy, takže když usedl na český trůn, začal přemýšlet nad tím, kam tuto neodmyslitelnou zeleň v Praze umístit. Evidentní bylo, že do hradního areálu se nevejde, ale on našel řešení. Zahrada vznikla severně za Jelením příkopem, kde se rozkládalo pět neobdělávaných vinic svatojiřského kostela a svatovítské kapitoly. Navíc byl tento pozemek rozlohou srovnatelný s areálem Pražského hradu.
Bývalé vinice získal Ferdinand I. roku 1534, a aby si své přání splnil, vyjednal si půjčky od Floriana Gryspeka z Gryspachu (*1504—†1588), českého šlechtice bavorsko-rakouského původu, neuvěřitelně bohatého královského úředníka (sloužícího třem českým panovníkům – kromě Ferdinanda I. také Maxmiliánovi II. a Rudolfovi II.) O rok později dostal zprávu o tom, že „na Prašný most byla nasazena chodba, jež umožní pohodlné přímé spojení mezi Hradem a zahradou“. Z Vídně poslal návrhy podoby pražské zahrady vypracované svým zahradníkem plus nařízení, že hradní zeleň musí být jak reprezentativní, tak užitková.
Král čekal na pražskou úrodu
Proto Ferdinandův vídeňský zahradník musel přijet do Prahy, aby zajistil, že zdejší višně z Královské zahrady doručí pěší posel co nejdříve po sklizni na panovnickou tabuli. Pěstovalo se tu i další ovoce včetně švestek, hrušek, broskví či meruněk, a zelenina (salát, chřest ap.), ovšem postupně přibývaly „exoti“ jako např. citroníky, pomerančovníky a fíkovníky, a květiny (mj. tulipány a letní fialy). K meruňkám přidám ještě informaci o tom, že toto ovoce miloval snad ze všeho nejvíce Rudolf II. Traduje se, že je považoval nejen za velmi chutnou lahůdku, ale uvěřil prý tomu, že ve skutečnosti jde o zlatá jablka ze zahrady Hesperidek, která zajišťují nesmrtelnost. (Tyto nymfy měly v řecké mytologii za úkol společně s nesmrtelným stohlavým drakem tato jablka střežit a jedno z nich se stalo důvodem sváru o nejkrásnější bohyni, který vedl k bojům o Tróju.)
A stěžoval si i na psa a slepice
Jelikož v letech 1538—1564 budoval Ferdinand I. Letohrádek královny Anny, své milované manželky Anny Jagellonské, stávaly se součástí korespondence mezi Vídní a Prahou jeho stížnosti na stavebníky. Například 2. června roku 1540 české dvorské komoře sděloval: „Bylo nám oznámeno, že naši vlašští zedníci a řemeslníci, kterým jsme s velkým nákladem svěřili práci na našem Letohrádku, oč déle nám slouží, o to méně jsou pilní, drží si psa, a koroptve, které jsme tam pro svou zábavu nechali vysadit, honí a chytají; a jejich pes a slepice ničí také mladé sazenice révy, summa chovají se pohoršlivě a zaslouží si potrestání“. (Příběh Pražského hradu uvádí, že důvodem takovéhoto chování stavebníků bylo „nevyplácení mzdy“, což prý Ferdinand I. napravil.)
Zahradník nad jiné povolaný
Dostavba zahrady, v níž se zahradníci střídali, byla přerušena po požáru Malé Strany a Hradčan roku 1541, a pokračovat mohla až poté, co byly přednostně opraveny obytné hradní prostory. Teprve v roce 1550 bylo možno začít pracovat na vodovodu, který dřevěným potrubím přiváděl vodu jak na Pražský hrad, tak do Královské zahrady.
Za zmínku stojí, že zahradníkem zde byl i slavný botanik italského původu Pietro Andrea Gregorio Mattioli (*1501—†1577), jehož přijal do svých služeb Ferdinand Tyrolský, syn Ferdinanda I. Habsburského, kterého otec poslal po stavovském povstání (jímž ho Češi rozzlobili) do Prahy na léta 1547—1567 jako svého místodržícího. Mattioli byl zároveň přes jedenáct let mladíkovým dvorním lékařem a v Praze napsal a roku 1562 vydal mj. nezvykle obsáhlý rostlinopis psaný latinsky, který česky vytiskl Jiří Melantrich.
Ochrana „exotů“ začala v Praze fíkovnou
Obavy o ně měl již Ferdinand I., a proto dal pro ně stavět „domečky“. Ovšem jako první vznikla teprve počátkem 70. let 16. století (tedy za Maxmiliána II.; 1564—1576) na jižní straně zahrady kamenná fíkovna. Nachází se dodnes pod jižní stranou Letohrádku královny Anny a nad Jelením příkopem, a v její jižní zdi vidíme řadu zaklenutých otvorů, jež jsou zbytky oken. Na zimní měsíce bývala fíkovna zakrývána dřevěnou střechou i vrstvou slámy či sena tvořící tepelnou izolaci, a navíc se uvnitř přitápělo.

Oranžérie a tři skleníky
K fíkovně roku 1590 přibyla za Rudolfa II. (1576—1611) rovněž na jižní straně zahrady oranžerie, určená pro citroníky, mandlovníky a další středozemní floru. Bohužel roku 1648 a 1649 ji zničili Švédové, kteří dobyli Hradčany a Malou Stranu. Dnes tu stojí moderní skleník zv. Nová oranžerie z nerezové oceli dlouhá téměř 90 m a postavená podle projektu z roku 1999 architekty Evy Jiřičné (*1939).

V místě dn. prezidentského domku v jihozápadní části Královské zahrady vybudoval K. I. Dientzenhofer v letech 1730 až 1731 skleník, který roku 1757 téměř zničili Prusové. Jeho částečně zachovaná středová část byla koncem 18. století upravena na malý letohrádek, přebudovaný v letech 1937—1938 na prezidentské sídlo skrývající se v Královské zahradě.

Roku 1820 vyrostl v severní části zahrady tzv. Empírový skleník, určený původně k relaxaci a soukromým jednáním panovníka; rád ho prý navštěvoval i ex-císař Ferdinand V., který si na Pražském hradě užíval s manželkou svůj panovnický důchod. Dnes se tu pěstují květiny určené k dekoraci reprezentačních prostor Pražského hradu i venkovních prostor.

K Empírovému skleníku byl v druhé polovině 19. století přistavěn druhý skleník prodloužený po druhé světové válce až ke Lvímu dvoru.