Na úvod prozradím, že dvě první tajemství souvisejí s Klementinem, budovaném a sloužícím jezuitům v letech 1556—1726, třetí se týká pomníku nedaleko Hlavního nádraží z 19. století a čtvrté Pohořelce z 20. století.
Kaple sv. Eligia a Mozartovo muzeum
Předchůdcem kaple zmíněné v mezititulku býval gotický farní kostel sv. Václava ze 13. století, který stával v dnešní Platnéřské ulici u dominikánského kláštera (předchůdce jezuitského Klementina). Když Karel IV. přivezl z Francie kromě různých cenností také ostatky svatého Eligia, patrona zlatníků, nechal kostel přestavět v gotickém slohu a zasvětit tomuto svatému.
Roku 1594 se svatostánek dostal do majetku jezuitů, kteří ho později zbořili a roku 1660 nahradili rokokovou kaplí sv. Eligia, jejíž obrys je dodnes patrný na fasádě přízemí a prvního patra severního křídla Klementina. Později byla zrušena a přeměněna na zimní refektář. Poté, co byl roku 1773 jezuitský řád zrušen, získal roku 1783 tyto prostory generální arcibiskupský seminář a vznikl spor mezi ním a klementinskou knihovnou o další využití refektáře. Úřady rozhodly, že původní kaple bude horizontálně rozdělena novým vestavěným stropem na přízemí a 1. patro, což se stalo roku 1800.

Část v přízemí zůstala arcibiskupskému semináři, jehož studenti ji využívali nadále jako zimní refektář, zatímco v části prvního patra, přiděleného knihovně, bylo 18. září roku 1837 slavnostně otevřeno první muzeum W. A. Mozarta na světě. Došlo k tomu při oslavě 50. výročí pražské premiéry opery Don Giovanni a uprostřed Mozartova sálu byla umístěna skladatelova busta.
Mozart (*1756—†1791) navštívil Klementinum poprvé 13. ledna 1787 a pak ještě několikrát. Při jedné jeho návštěvě mu zřejmě studenti arcibiskupského semináře předvedli jeho symfonii, a on naoplátku zahrál jim.
Pomník Jana Svatopluka Presla u Hlavního nádraží
Jeden z nejslavnějších českých přírodovědců 19. století (*1791—†1849) absolvoval Lékařskou fakultu Karlo-Ferdinandovy univerzity, ale nakonec se věnoval přírodopisu. Roku 1820 začal přednášet jako řádný profesor speciální přírodopis na lékařské fakultě, kde o čtyři roky později založil kabinet zoologie a usiloval o rozšíření jeho sbírek. V roce 1821 se podílel na založení prvního česky psaného vědeckého časopisu Krok, na jehož dalším vydávání se poté podílel. Roku 1831 se podílel na založení Matice české, roku 1847 se stal členem vídeňské akademie věd a byl také členem české akademie. Spoluzakládal českou a slovenskou odbornou terminologii mnoha vědních oborů, zejména pak v mineralogii, chemii, zoologii a botanice a zavedl dvouslovné pojmenovávání anorganických sloučenin a rozlišování oxidačního čísla pomocí přípon.
Například právě Preslovi vděčíme za české názvy flory jako bledule, kopretina, kukuřice, lebeda či šťovík, i fauny – bobr, dikobraz, hroch, lachtan, mrož, tuleň, vorvaň či zubr. Z chemických prvků se dnes používá jeho termín draslík, kyslík a vápník, a z minerálů cínovec, kazivec a živec.
V osmačtyřicátém roce se zapojil i do politiky, a jako pravičák byl zvolen na rakouský ústavodárný Říšský sněm.
Jan Svatopluk Presl byl původně pochován na Olšanských hřbitovech (II.,hrob 333) zřejmě s bratrem Karlem Bořivojem Preslem, a kolem roku 1894 byly jejich ostatky přeneseny na Vyšehradský hřbitov. Zde mají sourozenci náhrobek s jejich podobou a latinský nápis, jenž v překladu zní: „Spojeni pouty přírody i vědy“.

Presl si ovšem zasloužil mít v metropoli i pomník.

Ten měl původně stát na jižním okraji Karlova náměstí poblíž Faustova domu, ale protože v té době byl hotov pomník Benedikta Roezla, byl sem umístěn roku 1898, a pro Preslův pomník se hledalo jiné místo. To se nachází od roku 1909 vpravo od Hlavního nádraží (bráno při pohledu na nádražní budovu); je třeba dojít až téměř k Wilsonově třídě, na konec cestičky, která je jakoby prodloužením Růžové a kratší „zalomené“ části Washingtonovy ulice.
Pohořelecký pomník plukovníka čsl. legií na Rusi
Nacházel se od roku 1934 na horní části náměstí na Pohořelci, připomínal Josefa Jiřího Švece (*1883—†1918) a němečtí okupanti ho odstranili jako nežádoucí sochu 1941. Po druhé světové válce nalezli bronzový pomník v Německu (kde měl být roztaven) američtí vojáci a vrátili ji Československu, ovšem po únoru 1948 ho noví páni nechali zničit.

Kamenný sokl pomníku byl podle Jiřího Padevěta umístěn „v tramvajové vozovně Vokovice až do šedesátých let, kdy byl zničen.“ Nenávist komunistů si J. J. Švec vysloužil tím, že v roce 1918 bojoval se svými vojáky již proti bolševikům, kteří nechtěli československým legionářům povolit odchod z Ruska domů. V polovině října se stal velitelem 1. divize, ale 24. října mu jeho vojáci vypověděli poslušnost a odmítli vytlačit bolševickou přesilu z linie Buzuluk-Bugulma. Došlo k tomu pod vlivem vyučeného řezníka a budoucího komunisty Jana Vodičky (*1893—†1961), a plukovník Švec kvůli tomu spáchal ve tři hodiny ráno 25. října 1918 sebevraždu. Vojáky velitelův čin zaskočil a nakonec jeho poslední rozkaz splnili. (I když J. Vodička vstoupil za první světové války do československých legií v Rusku a zúčastnil se slavné bitvy u Zborova, měl postupně stále více konfliktů s legionářskými nadřízenými, nejen s J. J. Šefcem a nakonec vstoupil do Rudé armády.) Sověti v roce 1933 vydali jeho ostatky, které byly za přítomnosti asi dvaceti tisíc lidí uloženy do Památníku osvobození na Vítkově. Za okupace gestapo nařídilo převézt Švecovy ostatky do rodinné hrobky v Třešti.